Akademi farmasi Al-Fatah dipimpin oleh seorang direktur yang dalam pelaksanaan tugasnya sehari-hari dibantu oleh tiga pembantu direktur (PUDIR), yaitu PUDIR I (bidang pendidikan), PUDIR II (bidang administrasi dan keuangan), PUDIR III (bidang kemahasiswaan). Pembantu Direktur berada dibawah direktur dan bertanggung jawab langsung kepada direktur.
Administrasi perkantoran dipegang oleh seorang kepala bagian tata usaha yang bertanggung jawab langsung kepada direktur. Kepala bagian tata usaha dibantu oleh 4 orang kepala sub bagian akademik, yaitu urusan umum, akademik, keuangan dan kepegawaian, dan kemahasiswaan. Sub bagian urusan umum mengurusi perlengkapan dan rumah tangga, Sub Bagian Akademik mengurusi pendidikan/penelitian dan pengabdian masyarakat.
Struktur Organisasi AKFAR Al-Fatah Tahun Akademik 2014/2015 :
Ketua Yayasan Al-Fatah : Drs. Djoko Triyono, Apt, MM.
Direktur AKFAR Al-Fatah : Densi Selpia Sopianti, M.Farm., Apt.
Pudir I : Yuska Novi Yanty, M.Farm.,Apt.
Pudir II : Setya Enti Rikomah, M.Farm.,Apt
Pudir III : Tri Yanuarto, M.Farm., Apt.
Penasehat : Panti Yuniarti Z., S.Far., Apt.
Sub. Bag. Tata Usaha
Ka. Sub. Bag. Tata Usaha : Drs. Wiwintoro
Ur. Tata Usaha : Drs. Sunggut Asmadi
Urusan Keuangan : Nopti, SE.
Wildan, SE.
Urusan Umum & RT : Suhendra
Front Desk Attendant : Puteri Emilia Cempaka, S.Pt.
Sub. Bag Akademik & Kemahasiswaan
Ka. Sub. Bag Akademik : Lisza Niarissesa, S.Farm., Apt.
Marsidi Amin, S.Kom.
Ka. Sub. Bag Kemahasiswaan/Alumni : Puteri Dewi Sartika,S.Farm.,Apt
Sub. Bag Perpustakaan : Yulestri A.Md.
Unit Pelaksana Akademik
Unit Lab Farmasetika & Tek. Farmasi : Betna Dewi, M.Farm., Apt.
Putra Dwi Cahya, A.Md.Far.
Unit Lab Kimia Farmasi : Herlina, M.Si.
Unit Lab Mikrobiologi & Farmakologi : Luky Dharmayanti, M.Farm., Apt.
Renita Apriani, A.Md.Far.
Unit Lab Farmakognosi : Nurwani Purnama Aji, M.Farm., Apt
Riko Handoko, A.Md.Far.
Unit Lab Komputer : Febryan Hari Purwanto, M.Kom.
Unit Lab Simulasi Apotek : Sari Yanti, M.Farm., Apt.
Dewi Winni Fauziah, M.Farm., Apt.
Unit Penjamin Mutu dan P3M
Unit Penjamin Mutu : Gina Lestari, M.Farm.,Apt
Pusat Penelitian dan Pengabdian Masyarakat : Devi Novia, M.Farm., Apt.